La Chiesa sorge su un costone roccioso poco distante dall'abitato di Malonno in direzione della contrada di Odecla. Si tratta di una zona caratterizzata da ciglioni a strapiombo che degradano verso sud in località Còrnola. Tutto il sito in epoca preistorica sembra svolgesse un ruolo specificatamente religioso: ne sarebbero una prova i ritrovamenti archeologici e il permanere di leggende collegate al luogo. 

L'originaria chiesa o cappella dedicata ai Santi Faustino e Giovita sorse al più tardi nell'XI-Xll secolo ad opera dei monaci benedettini del Monastero di S. Faustino di Brescia. Di questo fatto non esistono prove, ma la presenza in terra camuna di chiese intitolate ai Patroni bresciani, di solito è la spia di un legame con l'omonimo monastero bresciano: è il caso di Darfo, di Bienno e quasi certamente anche di Malonno.

Purtroppo dell'antichissimo piccolo e semplice edificio pare non sia rimasta traccia nonostante il tentativo compiuto dagli studiosi di identificare una «cripta dei frati» sotto l'attuale sacrestia.